В штате Нью-Мексико расположена исследовательская лаборатория, где каждый проводятся сверхсекретные разработки и испытания. Гордно Фримен – главное действующее лицо игры и молодой ученый, который принимает участие в этих исследованиях. Имея низкий уровень допуска, ученый даже не подозревает, насколько опасная работа, которую он выполняет, но однажды утром он познает все ее «прелести». Гордона отправляют в тестовую камеру, чтобы провести анализ кристалла, но с первых минут что-то идет не по плану и эксперимент оборачивается настоящей катастрофой. Через образовавшуюся после неудачного опыта дыру, в центр исследований проникают инопланетные существа, и начинается настоящая паника. Ученые в спехе покидают рабочие места, но погибают, а Гордон, заключенный в защитный костюм, пытается выбраться из этого ужаса самостоятельно.
