После успешного убийства Метроидов Самус Аран вынужден отправиться на выполнение новых миссий. Не успел он еще далеко улететь с планеты, как неожиданно получает сигнал бедствия с Ceres и вынужден вернуться обратно, чтобы выяснить, что же конкретно произошло на станции. По возвращению он обнаруживает тела убитых товарищей и выясняет, что Малыш бесследно исчез. После внимательного обследования территории Самус встречается с одним из Метроидов, который и похитил Малыша. После непродолжительного поединка он скрывается, а Самус отправляется вдогонку за Ридли.
К сожалению флэш игры больше не поддерживаются
